Flaschengärung bezeichnet eine zweite Gärung, die nach der eigentlichen Bierherstellung direkt in der Flasche stattfindet. Dabei wird dem Jungbier – häufig unfiltriert – erneut Hefe sowie eine Kohlenhydratquelle, meist sogenannte Speise (unvergorene Würze), zugesetzt und anschließend abgefüllt.

Während dieser Nachgärung wandelt die Hefe den zugesetzten Zucker in Alkohol und Kohlensäure um. Da die Flasche verschlossen ist, bleibt die entstehende Kohlensäure im Bier gebunden. Dadurch entsteht eine besonders feine und natürliche Perlage, die sich deutlich von künstlich zugesetzter Kohlensäure unterscheidet.

Die Gärung wird durch Temperatur und Zuckermenge gesteuert und erfolgt oft unter kontrollierten Bedingungen. Nach Abschluss der Flaschengärung verbleiben in der Regel Hefereste in der Flasche, die sich als Bodensatz absetzen – ein typisches Merkmal vieler naturbelassener Biere wie Hefeweizen.

Neben der Flaschengärung kann die Nachgärung auch im Fass stattfinden, etwa beim englischen Real Ale. Ein bekanntes Beispiel für traditionelle Flaschengärung ist das belgische Geuze, bei dem durch komplexe Reifung und Nachgärung besonders vielschichtige Aromen entstehen.

Flaschengärung steht insgesamt für ein handwerkliches Verfahren, das dem Bier mehr Tiefe, feinere Kohlensäure und zusätzliche Aromakomplexität verleiht.